BioNow

Первоначально были проведены несколько циклов автоматического (программой CNS) кристаллографического уточнения, которое включало в себя молекулярно-динамическую процедуру моделированного отжига (ANNELING), проводимую во внутренних координатах; уточняемыми параметрами были торсионные углы. При этом использовались ограничения (типа “restraints”) в соответствии с операцией некристаллографической симметрии.

Затем были получены две карты электронной плотности:

1) карта, рассчитанная с использованием коэффициентов 2fo-fc, где fo – структурный фактор, полученный экспериментально на основе дифракционных данных, fc – структурный фактор, рассчитанный на основе модели

2) composit-omit map – разностная 2fo-fc карта, где fc определяется как комбинированная величина, рассчитанная по нескольким моделям с исключением 5% атомов на каждом шаге.

Полученные карты были хорошего качества, что позволило вписать все боковые остатки белка, уточнить положение главной цепи и молекулы РНК. Для ручной правки использовалась программа молекулярной графики О.

Окончательное уточнение включало уточнение параметров длин связей и углов с помощью программы MINIMIZE (CNS), уточнение В-факторов для индивидуальных атомов, а так же проверку стереохимии полученной структуры и расстояний между атомами (водородные связи, Ван-дер-Вальсовы взаимодействия, «плохие» расстояния).

Окончательная модель, уточненная до значений R-фактора ***8% и Rfree ***% при разрешении до 2,8Е, включает ** аминокислотных остатков и ** нуклеотидов. Кроме того были локализованы *** молекул воды, ** ионов ионов Mg+2 в независимой части элементарной ячейки. Общее число атомов модели в независимой части элементарной ячейки составило ****. Модель обладает хорошими стехиометрическими параметрами и не содержит остатков, расположенных в запрещенных областях карты Рамачандрана. Часть окончательной 2Fo-Fc карты электронной плотности на уровне 1.5 s показана на рис. 20. Структура комплекса S15-16SрРНК схематически показана на рис. 21. Координаты атомов окончательной модели комплекса S15-16SрРНК занесены в RCSB Protein Data Bank (код ****).

Анатомическое строение корня однодольных растений
Корень, как и стебель, - радиально симметричный орган, характеризующийся апикальным ростом, осуществляемый деятельностью на его конце меристемы и участвующий в поглощении и транспорте веществ. У однодольных растений, а так же папоротников, плаунов и хвощей первичное строение корня сохраняется в течение всей жизни.Апикальная меристема кор ...

Концепция рекомбинантной ДНК
Методология получения рекомбинантных ДНК основана на тех же принципах, что и трансдукция. Молекулы ДНК, способные реплицироваться в соответствующих клетках, представленные вирусными геномами или плазмидами, служат переносчиками, или векторами, «чужеродных» сегментов ДНК, получивших название вставки. При этом, вместо того чтобы полагать ...

Биологическая характеристика европейской ряпушки в связи со средой обитания и образом жизни. Общая биология вида
Тип: Хордовые (Chordata) Под тип: Черепные (Craniata) Над класс: Челюсноротые (Gnathostomata) Класс: Рыбы (Pisces) Над отряд: Костистые рыбы (Teleostei) Отряд: Лососеобразные (Salmoniformes) Под отряд: Лососевидные (Salmonоidei) Семейство: Сиговые (Coregonidae) Род: Сиги (Coregonus) Вид: Европейская ряпушка (Coregonus albula L) ...