BioNow

Преобразование W можно найти путем сравнения функций Паттерсона кристалла неизвестной молекулы P

x и модели

P

m. Критерием соответствия ориентации модели и неизвестной молекулы служит так называемая функция вращения, которая представляет собой интеграл перекрывания функций P

x(r

) и P

m(Wr

) в элементе объема U и имеет максимумы если системы внутренних векторов модели и неизвестной молекулы ориентированы одинаково. Существуют методы расчета функции вращения как в прямом [22] так и в обратном пространстве [37]. В случае прямого пространства функции Паттерсона P

x и P

m рассчитываются в явном виде при заданном разрешении с помощью преобразования Фурье. Затем происходит вращение P

m относительно P

x с заданным шагом и ищутся максимумы функции вращения:

, (1)

где область интегрирования U - как правило сферический слой с центром в начале координат, задающийся минимальным и максимальным радиусами rmin и rmax, соответственно. Радиус rmin выбирается таким образом, чтобы исключить пик функции Паттерсона в начале координат (обычно rmin ³ 2Å), который может порождать ошибки при численном интегрировании. Радиус rmax выбирается так, чтобы включить в область интегрирования максимальное количество внутримолекулярных векторов при минимально-возможном количестве межмолекулярных [5].

Для уменьшения расчетных затрат при численном интегрировании на сетке используются только те точки, в которых функция P

m принимает наибольшие значения, а значения функции P

x в этих точках рассчитываются с помощью процедуры интерполяции [22].

Применяя преобразование Фурье и теорему Парсеваля для уравнения (1) можно получить выражение для функции вращения в обратном пространстве [37]:

, (2)

где h

= (h,k,l) обозначает миллеровские индексы, а WT - транспонированную матрицу оператора W. Действие WT

на |F

m(h

)|2 будет в общем случае приводить к возникновению точек в обратном пространстве, которые не описываются целочисленными индексами (h,k,l). Значения |F

m(h

)|2 в таких точках могут быть получены с помощью так называемой интерференционной функции G [2]:

(3)

Анализ максимумов R

(W) позволяет не только выявить наиболее вероятные ориентации модели в ячейке кристалла неизвестной молекулы, но и, в случае нескольких молекул в независимой части элементарной ячейки, найти операции точечной некристаллографической симметрии, связывающие ориентации этих молекул.

Активность карбоксипептидазы Н в тканях крыс при введении галоперидола. Влияние однократного введения галоперидола на активность карбоксипептидазы Н в тканях крыс.
Введение галоперидола не повлияло на активность КП Н в четверохолмии, стриатуме, гиппокампе и больших полушариях. В семенниках достоверное снижение активности приблизительно в 2 раза по отношению к контролю наблюдалось через 24 и 72 часа после воздействия (рис. 2). Известно, что инъекция галоперидола вызывает повышение секреции гонадотр ...

Бактериофаги – альтернатива антибиотикам
Сравниваемые особенности Антибиотики Бактериофаги Частота развития вторичной резистентности От незначительной до очень высокой Не характерно Профилактическое использование Неэффективно, противопоказано Широко используется Длительность создания нового препарата От нескольких лет до десятилетий От ...

Современное понимание единства чувственного и рационального в научном познании
Чувственное и рациональное взаимосвязаны друг с другом, с этим согласны многие философы. Без рационального чувственное предстанет многообразием, в котором нет единства. Рациональное без чувственного становится чем-то блеклым, лишенным жизни. Познание имеет чувственно-рациональный характер. Допустим, нас интересует психический образ &qu ...