Результаты и их обсуждение
В результате проделанной работы была построена модель структуры комплекса S15-16SрРНК (S15 T3C мутант).
Модель была уточнена до R-фактора 24,5% и Rfree 30,9% при разрешении до 2,9Е, и включает 86 аминокислотных остатков и 57 нуклеотидов. Общее число атомов модели в независимой части элементарной ячейки составило 1943. Модель обладает хорошими стехиометрическими параметрами и не содержит остатков, расположенных в запрещенных областях карты Рамачандрана.
Таблица 2.2.1. Статистика уточнения структуры комплекса комплекса S15-16SрРНК (S15 T3C мутант)
|
Пространственная группа |
Р6422 |
|
Параметры ячейки (Е) |
a=128.228, b= 128.2286, c=64.9505 |
|
Длина волны (Е) |
0,933 |
|
Разрешение (Е) |
500 - 2,9 |
|
Избыточность |
5,9 |
|
Полнота набора (%) |
98,0 |
|
Rsym (%) |
3,1 |
|
Rcryst/Rfree (%) |
24,5/30,9 |
|
Разрешение (Е) |
6,0 – 2,9 |
|
Число рефлексов |
8209 |
|
Вср (Е |
44,8 |
|
R.m.s.d. связей (Е) |
0,006 |
|
R.m.s.d. углов (°) |
1,2 |
) Как видно из рисунка 2.2.1., белок S15 относится к семейству a-спиральных белков и состоит из четырёх a-спиралей, взаимодействующих с 16SрРНК и стабилизирующих данную структуру.
Фрагмент 16S рРНК из T.thermophilus (рис. 2.2.2.) длиной 57 нт состоит из укороченных спиралей Н20, Н21 и Н22. Спираль Н22 стыкуется со спиралью Н21, образуя вытянутую структуру, а спираль Н20 прилегает к ней под углом примерно в 60°.
Белок S15 распознаёт на поверхности РНК два удалённых участка, один из которых располагается в верхней части спирали H22, а другой – в районе соединения трёх спиралей РНК (рис. 2.2.3.). Участки отстают друг от друга на один виток спирали.
Почему III этап энергетического обмена называется стадией полного
окисления? Где он происходит? Каков его химизм?
Третий этап энергетического обмена включает в себя окисление промежуточных метаболитов, прежде всего, пировиноградной и молочной кислоты, до конечных продуктов окисления -углекислого газа и воды.
Этот этап получил название аэробного или полного окисления. В клетках этот процесс протекает в митохондриях и кроме образования СО2 и Н2О аэр ...
Морфология фагов
Применение современных электронных микроскопов, а также усовершенствование методов приготовления препаратов для электронной микроскопии позволили более детально изучить тонкую структуру фагов. Оказалось, что она весьма разнообразна и у многих фагов более сложна, чем структура вирусов растений и ряда вирусов человека и животных.
Иллюс ...
Биологическое значение микрофлоры кишечника
Микрофлора кишечника обеспечивает разложение клетчатки и защиту организма от патогенных микроорганизмов ...