Результаты и их обсуждение
В результате проделанной работы была построена модель структуры комплекса S15-16SрРНК (S15 T3C мутант).
Модель была уточнена до R-фактора 24,5% и Rfree 30,9% при разрешении до 2,9Е, и включает 86 аминокислотных остатков и 57 нуклеотидов. Общее число атомов модели в независимой части элементарной ячейки составило 1943. Модель обладает хорошими стехиометрическими параметрами и не содержит остатков, расположенных в запрещенных областях карты Рамачандрана.
Таблица 2.2.1. Статистика уточнения структуры комплекса комплекса S15-16SрРНК (S15 T3C мутант)
|
Пространственная группа |
Р6422 |
|
Параметры ячейки (Е) |
a=128.228, b= 128.2286, c=64.9505 |
|
Длина волны (Е) |
0,933 |
|
Разрешение (Е) |
500 - 2,9 |
|
Избыточность |
5,9 |
|
Полнота набора (%) |
98,0 |
|
Rsym (%) |
3,1 |
|
Rcryst/Rfree (%) |
24,5/30,9 |
|
Разрешение (Е) |
6,0 – 2,9 |
|
Число рефлексов |
8209 |
|
Вср (Е |
44,8 |
|
R.m.s.d. связей (Е) |
0,006 |
|
R.m.s.d. углов (°) |
1,2 |
) Как видно из рисунка 2.2.1., белок S15 относится к семейству a-спиральных белков и состоит из четырёх a-спиралей, взаимодействующих с 16SрРНК и стабилизирующих данную структуру.
Фрагмент 16S рРНК из T.thermophilus (рис. 2.2.2.) длиной 57 нт состоит из укороченных спиралей Н20, Н21 и Н22. Спираль Н22 стыкуется со спиралью Н21, образуя вытянутую структуру, а спираль Н20 прилегает к ней под углом примерно в 60°.
Белок S15 распознаёт на поверхности РНК два удалённых участка, один из которых располагается в верхней части спирали H22, а другой – в районе соединения трёх спиралей РНК (рис. 2.2.3.). Участки отстают друг от друга на один виток спирали.
Толерантность
Жизнь, весьма вероятно, возникла в море. По сравнению с другими биомами биомы морской среды сравнительно устойчивы. Флуктуации таких физических факторов, как температура и содержание кислорода, здесь невелики, поэтому внутренняя среда многих морских беспозвоночных мало подвержена нарушениям. Такие животные обычно являются конформерами в ...
Определение общей теории эволюции и обстоятельства
ее появления
В 1858 году Ч. Дарвин, а также независимо от него А. Р. Уоллес обосновали принцип естественного отбора и представление о борьбе за существование как механизме этого отбора.
Основной труд Ч. Дарвина – "Происхождение видов", в корне изменивший представления о живой природе, появился в 1859г.
Имея в виду важное жизненное знач ...
Окрашенные препараты
• Окраска по Граму. В мазках из клинического материала грибы представлены грамположительными клетками. Клетки Cryplococcus neoformans плохо воспринимают красители, что можно использовать как дифференциально-диагностический признак при микроскопии окрашенных мазков СМЖ.
• Окраска нигрозином или тушью по Бурри мазков СМЖ позволяет выяви ...