Результаты и их обсуждение
В результате проделанной работы была построена модель структуры комплекса S15-16SрРНК (S15 T3C мутант).
Модель была уточнена до R-фактора 24,5% и Rfree 30,9% при разрешении до 2,9Е, и включает 86 аминокислотных остатков и 57 нуклеотидов. Общее число атомов модели в независимой части элементарной ячейки составило 1943. Модель обладает хорошими стехиометрическими параметрами и не содержит остатков, расположенных в запрещенных областях карты Рамачандрана.
Таблица 2.2.1. Статистика уточнения структуры комплекса комплекса S15-16SрРНК (S15 T3C мутант)
|
Пространственная группа |
Р6422 |
|
Параметры ячейки (Е) |
a=128.228, b= 128.2286, c=64.9505 |
|
Длина волны (Е) |
0,933 |
|
Разрешение (Е) |
500 - 2,9 |
|
Избыточность |
5,9 |
|
Полнота набора (%) |
98,0 |
|
Rsym (%) |
3,1 |
|
Rcryst/Rfree (%) |
24,5/30,9 |
|
Разрешение (Е) |
6,0 – 2,9 |
|
Число рефлексов |
8209 |
|
Вср (Е |
44,8 |
|
R.m.s.d. связей (Е) |
0,006 |
|
R.m.s.d. углов (°) |
1,2 |
) Как видно из рисунка 2.2.1., белок S15 относится к семейству a-спиральных белков и состоит из четырёх a-спиралей, взаимодействующих с 16SрРНК и стабилизирующих данную структуру.
Фрагмент 16S рРНК из T.thermophilus (рис. 2.2.2.) длиной 57 нт состоит из укороченных спиралей Н20, Н21 и Н22. Спираль Н22 стыкуется со спиралью Н21, образуя вытянутую структуру, а спираль Н20 прилегает к ней под углом примерно в 60°.
Белок S15 распознаёт на поверхности РНК два удалённых участка, один из которых располагается в верхней части спирали H22, а другой – в районе соединения трёх спиралей РНК (рис. 2.2.3.). Участки отстают друг от друга на один виток спирали.
Фундаментальные основы современной химии
Фундаментальными основами химии стали квантовая механика, атомная физика, термодинамика, статическая физика, а также физическая кинетика. На основе физики построена теоретическая химия. На химическом уровне мы имеем дело с очень большим числом частиц, участвующих в квантово-механических процессах обмена электронами (химических реакциях) ...
Серологические исследования
Серологические исследования — наиболее распространённые и доступные диагностические методы. Их часто проводят при подозрении на токсоплазмоз, амебиаз (РИГА, латекс-агглютинация), лейшманиозы (РИГА), трипаносомозы (РИГА, РСК) и т.д. ...
Дыхание
При росте в аэробных условиях при низком содержании глюкозы в среде дрожжи получают АТФ за счет процессов дыхания, как это делает большинство аэробных организмов. Полное окисление субстрата до углекислого газа и воды может происходить у дрожжей с помощью трех различных механизмов: в цикле трикарбоновых кислот, в глиоксилатном цикле и в ...