Электрофоретическое разделение нуклеиновых кислот в образцах ПЦР-смеси после амплификации
ПЦР ставили по протоколам с использованием SYBRgreen и TaqMan. Амплификация проходила в микропланшетах в объеме смеси – 1 мкл (на геле эти образцы обозначены прописной буквой «ч») и как контроль в амплификаторе «ТерЦик» под минеральным маслом в объеме 20 мкл(на геле – это образцы с индексом «а»). Заглавные буквы T и S означают ПЦР с системой TaqMan и SYBRgreen соответственно. Индексы 1, 2 и 3 в системе TaqMan означают использование разных растворов полимераз и в принципе важного значения для этого опыта не имеют, поэтому их можно расценивать как 3 повтора. Индекс «чдо» у одного из S означает ПЦР-смесь до амплификации. В карман геля наносили по 5 мкл образца. М – маркер – смесь нуклеиновых кислот размером от 50 до 1000 п.н.
На рис. видно, что амплификация прошла во всех пробах системы TaqMan. Шесть полос, проявившихся на геле чуть ниже уровня полосы маркера с цифрой 100 означают, что во всех этих пробах прошла реакция и наработался фрагмент ДНК размером около 100 п.н. На дорожках, куда вносили пробы после амплификации в «Терцике» полосы проявились сильнее, чем на дорожках с пробами из чипа. Значит наработанного фрагмента в плашках меньше, чем в макрообъеме под маслом. Это обстоятельство опять же объясняется форматом микрообъемов, где погрешности каждого из этапов работы становится критичным. В случае с SYBRgreen также наблюдается подобная картина. Полоски не проявились в случае с образцом не прошедшим амплификацию и проявились на дорожках лунок, куда вносили образцы после амплификации. Следовательно амплификация в них прошла и наработался фрагмент размером около 600 п.н.
Гель фотографировали с зеленым светофильтром, пропускающим соответствующую длину волны красителя (520 нм). На геле хорошо заметны зеленые полосы крашенной наработанной в процессе амплификации ДНК и исходной матрицы(полосы в самом начале карманов), которая имеет большой размер (5000 п.н.) и за время разделения успела только войти в гель. Опять же количество наработанного фрагмента в чипе меньше (хоть и не значительно по сравнению с системой TaqMan), чем в макрообъемной ПЦР-смеси. Однако нужно обратить внимание на то, что верхняя полоса в лунке S18ч окрашена слабее, чем в лунке S18а. Это говорит о том, что изначально количество матрицы в образце было меньше, что опять же связано с погрешностями в работе с микрообъемами.
Обработка данных
Таблица 1. Показатели роста проростков пшеницы (в см)
Вариант опыта
Контроль
Концентрация 1%
Концентрация 10%
№ п/п
Зеленая часть
Корень
Зеленая часть
Корень
Зеленая часть
Корень
1
3.0
10.8
2.3
9.0
0.4
1.5
2
4.2
11.4
4.8
15.4
2.1
2.4
3
7.0
11.6 ...
Каждый должен делать свое дело
Удивительно то, что люди гораздо больше доверяют общественным организациям, чем профессионалам. Как-то на одной из дискуссий, я, может несколько резковато, высказался по поводу выступления одного представителя общественной организации — слишком уж оно было неграмотно с точки зрения генетики, но произнесено с громадным апломбом и напоро ...
Типизация фанерозойских событий массового вымирания организмов. Определение массового вымирания
Наибольший интерес при изучении биотических кризисов должны представлять МВ (массовые вымирания), лежащие в основе этих событий. Массовое вымирание – это одновременное в глобальном масштабе исчезновение многих таксонов высокого ранга, принадлежащих различным группам организмов, и резкое сокращение разнообразия тех, которые полностью не ...