Функции трансляции
Вторым этапом решения задачи молекулярного замещения является определение положения ориентированной молекулы в ячейке кристалла. Критерием соответствия положения модели и неизвестной молекулы служит функция трансляции. Существует много вариантов определения функции трансляции, в которых используются как функции Паттерсона [3, 36] так и коэффициенты корреляции между экспериментальными и расчетными амплитудами структурного фактора [20]. Функция трансляции может также включать фазовую информацию [4] и ограничения на возможную кристаллическую упаковку молекул [22]. Основной целью при этом является нахождение глобальных максимумов функции трансляции в зависимости от вектора трансляции v
, описывающего положение модели в элементарной ячейке. Эта задача обычно решается с помощью процедуры поиска на сетке разбитой по компонентам вектора v
.
Функция трансляции, в которой используется перекрывание между экспериментальной и расчитанной по модели функциями Паттерсона имеет общий вид:
, (4)
где Sj обозначает операторы симметрии данной группы [15].
Наличие экспериментальной фазовой информации может существенно повысить отношение сигнал-шум в пиках функции трансляции, даже если экспериментальный набор фаз содержит значительные ошибки (например, в тех случаях, когда имеется только одна изоморфная производная). В формулировке Рида и Ширбека [35] функция трансляции, включающая фазовую информацию, определяется следующим образом:
, (5)
где ρx и ρm – функции экспериментальной и модельной электронной плотности, соответственно.
Кроме правильной ориентации модели, к основным факторам влияющим на точность решения функции трансляции относятся качество и полнота модели и рентгеноструктурных данных, диапазон разрешений, а также критерий отбора в соответствии с которым те или иные структурные амплитуды включаются в расчет. Также как и для функции вращения, исключение слабых рефлексов из экспериментального набора данных (без заметного ущерба для полноты набора) может несколько снизить уровень шума функции трансляции [7].
После того как решения функции трансляции получены их уточняют с помощью процедуры оптимизации ориентации и положения модели как твердого тела по методу сопряженных градиентов (например, процедура FIT в AmoRe [11] или RIGID_BODY в CNS [6]).
Биология маньчжурского зайца
Систематическое положение маньчжурского зайца.
С.И. Огнев (1940) выделял маньчжурского зайца в отдельный род Allolagus. К этому же роду он относил, обитающего в Японии. А.А. Гуреев (1964) объединил маньчжурского зайца с brachyurus в один вид и включил его в род Caprolagus, представители которого (12 видов) обитают в Азии (от Афганистан ...
Женские половые органы
Женские половые органы подразделяются на внутренние и наружные. К внутренним относятся яичники, маточные трубы, или яйцеводы, матка и влагалище. Они расположены в полости малого таза. Наружные половые органы в совокупности составляют женскую половую область и представлены большими и малыми половыми губами, клитором, девственной плевой и ...
Действие на водно-электролитный обмен
Все изученные простагландины усиливают ионный поток через эпителиальные мембраны. Введение PGE1 или PGA1 в почечную артерию собак увеличивает объем мочи и выделение Na+, K+ и Сl-. Напротив, сообщалось, что местное образование PGE2 в почке подавляет выведение Na+. ...