Функции трансляции

Вторым этапом решения задачи молекулярного замещения является определение положения ориентированной молекулы в ячейке кристалла. Критерием соответствия положения модели и неизвестной молекулы служит функция трансляции. Существует много вариантов определения функции трансляции, в которых используются как функции Паттерсона [3, 36] так и коэффициенты корреляции между экспериментальными и расчетными амплитудами структурного фактора [20]. Функция трансляции может также включать фазовую информацию [4] и ограничения на возможную кристаллическую упаковку молекул [22]. Основной целью при этом является нахождение глобальных максимумов функции трансляции в зависимости от вектора трансляции v

, описывающего положение модели в элементарной ячейке. Эта задача обычно решается с помощью процедуры поиска на сетке разбитой по компонентам вектора v

.

Функция трансляции, в которой используется перекрывание между экспериментальной и расчитанной по модели функциями Паттерсона имеет общий вид:

, (4)

где Sj обозначает операторы симметрии данной группы [15].

Наличие экспериментальной фазовой информации может существенно повысить отношение сигнал-шум в пиках функции трансляции, даже если экспериментальный набор фаз содержит значительные ошибки (например, в тех случаях, когда имеется только одна изоморфная производная). В формулировке Рида и Ширбека [35] функция трансляции, включающая фазовую информацию, определяется следующим образом:

, (5)

где ρx и ρm – функции экспериментальной и модельной электронной плотности, соответственно.

Кроме правильной ориентации модели, к основным факторам влияющим на точность решения функции трансляции относятся качество и полнота модели и рентгеноструктурных данных, диапазон разрешений, а также критерий отбора в соответствии с которым те или иные структурные амплитуды включаются в расчет. Также как и для функции вращения, исключение слабых рефлексов из экспериментального набора данных (без заметного ущерба для полноты набора) может несколько снизить уровень шума функции трансляции [7].

После того как решения функции трансляции получены их уточняют с помощью процедуры оптимизации ориентации и положения модели как твердого тела по методу сопряженных градиентов (например, процедура FIT в AmoRe [11] или RIGID_BODY в CNS [6]).


Приложения
Приложение 1. Таблица. Рост культуры на среде с ЭДТА (вариант 1) Время культивирования, сутки рН Биомасса, г/л ЭДТА, г/л Аммоний, г/л 0 7,35 0,025 0,873 0 1 8,13 0,026 0,734 7,0 2 8,52 0,072 0,526 8,0 3 9,21 0,183 0 9,9 4 9,64 0,179 0 1 ...

Охрана природы
Согласно Федеральному закону РФ, от 10 января 2002 года, « Об охране окружающей среды», охрана природы – это деятельность органов государственной власти Российской Федерации, государственных органов субъектов РФ, органов местного самоуправления, общественных и некоммерческих объединений, юридических и физических лиц, направленная на сох ...

Генетическая устойчивость и восприимчивость к простейшим (трипаносомоз, эймериоз, сердечная водянка, анаплазмос)
Трипаносомозы - болезни животных и человека, вызываемые жгутиковыми простейшими. Болезни проявляются периодическими повышениями температуры, возникновением отеков, парезом конечностей и параличами. Возбудители болезней передаются многими насекомыми, в том числе цеце. Видовые и породные различия. Многие виды млекопитающих Африки отличаю ...