Связывание на фильтрах
Является стандартно используемой методикой для определения РНК-белковых взаимодействий и оценки константы связывания. Принцип данного метода основан на способности нитроцеллюлозных фильтров удерживать белки, а также связанные РНК, пока несвязанные РНК проходят через фильтр. Несмотря на свою концептуальную простоту, метод всё же не является достаточно надёжным и не подходит для изучения некоторых РНК-белковых комплексов: он хорошо работает для сравнительно небольших молекул РНК, большие же молекулы РНК-белковых комплексов часто не удерживаются.
Методика заключается в том, что эквимолярные количества радиоактивной РНК смешиваются с белком в различной концентрации и фильтруются через нитроцеллюлозные фильтры. В идеале при высокой концентрации белка должно удерживаться до 100% РНК, в действительности же этот процент значительно меньше. Кроме того, белковые фракции также могут не удерживаться фильтром. Например, при анализе взаимодействия белка L18 с 5S рРНК было обнаружено, что эффективность связывания комплекса 5SрРНК-L18 составляла 35% при удержании 65% белка L18, и < 5% для свободной 5S рРНК. Тем не менее, точность измерения не зависит непосредственно от эффективности задерживания.
На оценку эффективности связывания влияют многие параметры, и они должны быть оптимизированы для каждого конкретного случая:
Буфер
: Повышение концентрации солей уменьшает эффективность связывания. Для большинства комплексов концентрация одновалентных ионов должна составлять около 150 mM, чтобы гарантировать специфичность связываться.
Температура
: Низкая температура увеличивает эффективность связывания.
Скорость подачи буфера и условия промывки
: скорость подачи буфера должна быть постоянной (одной и той же) в каждом эксперименте. Неспецифическое удержание несвязанного РНК на фильтре можно уменьшать интенсивной промывкой, но зачастую это ведёт и к снижению специфической сорбции в целом. Поэтому для некоторых комплексов применяется промывка небольшим объёмом, в то время как для других комплексов наилучшие результаты получаются при промывке большими объёмами.
Ренатурация РНК
: хорошо известно, что разные препараты РНК дают различную эффективность связывания. Тщательная ренатурация уменьшает вариабельность между этими препаратами [23].
Каждый должен делать свое дело
Удивительно то, что люди гораздо больше доверяют общественным организациям, чем профессионалам. Как-то на одной из дискуссий, я, может несколько резковато, высказался по поводу выступления одного представителя общественной организации — слишком уж оно было неграмотно с точки зрения генетики, но произнесено с громадным апломбом и напоро ...
Пространство и время. Принципы относительности
Пространство и время являются основными категориями в физике. Большинство физических понятий вводится посредством правил, в которых используется расстояние в пространстве и время.
Большое влияние на формирование понятий «пространство» и «время» сыграла пифагорийская школа. В пустоте (неоформленном) безграничном пространстве зародилась ...
Биологическая характеристика европейской ряпушки в связи со средой обитания
и образом жизни. Общая биология вида
Тип: Хордовые (Chordata)
Под тип: Черепные (Craniata)
Над класс: Челюсноротые (Gnathostomata)
Класс: Рыбы (Pisces)
Над отряд: Костистые рыбы (Teleostei)
Отряд: Лососеобразные (Salmoniformes)
Под отряд: Лососевидные (Salmonоidei)
Семейство: Сиговые (Coregonidae)
Род: Сиги (Coregonus)
Вид: Европейская ряпушка (Coregonus albula L) ...