Ранние представления об РНК-белковых взаимодействиях. РНК-связывающие структурные мотивы в белках
Изучение свойств РНК-связывающих белков привело к обнаружению в этих белках ряда и консервативных мотивов. Их открытие позволило начать классификацию РНК-связывающих белков, исходя из их структурных особенностей, а также предсказывать РНК-связывающие свойства белков [8]. В настоящее время выделяют следующие основные мотивы:
1) РНП (ribonucleoprotein) мотив - наиболее распространён, состоит из двух коротких последовательностей РНП1 (октамер) и РНП2, разделённых примерно 30 аминокислотами [17].
2) S1 мотив – в состав входит пять антипараллельных b-тяжей. Ряд консервативных ароматических и заряженных аминокислот, расположенных в петле между тяжами b1 и b2, в середине b2, в конце b3 и в повороте между b4 и b5 находятся поблизости друг от друга и, вероятно, формируют РНК-связывающий участок домена [10].
3) Домен холодового шока – состоит из пяти b-тяжей с РНП-последовательностью, расположенной в одном из тяжей и структурно очень схож с S1 мотивом [38].
4) КН мотив – содержит стабильную baabba структуру.[11] Точная роль мотива в РНК-связывании неизвестна.
5) Мотив DSRM – имеет abbba топологию. Возможный участок связывания находится в петле между b-тяжем и С-концевой a-спиралью [9].
6) RGG мотив – содержит 20-25 аминокислот и обычно имеется в комбинации с РНК-связывающими мотивами других типов. Он состоит из близкорасположенных поворотов Arg-Gly-Gly (RGG), расположенных среди других, часто ароматических аминокислот [8].
7) Мотив ARM – состоит из 10-20 аминокислот с большим количеством аргинонов. Встречается в вирусных и фаговых белках.
8) Домены с «цинковыми пальцами» - содержит последовательности СХ4СХ12НХ3-4Н и соответствующее число ионов цинка, связанные цистеинами и гистидинами [17].
9) Другие РНК-связывающие мотивы. Существует ряд других консервативных последовательностей, не имеющих гомологии с уже перечисленными мотивами. Например, мотив белка-аттенюатора триптофанового оперона из B.subtilis. [2].
Средостение
Комплекс органов, расположенных в грудной полости между правым и левым плевральными мешками, называется средостением (mediastinum).
Средостение ограничено по бокам медиастинальной плеврой, спереди — задней поверхностью грудины, сзади — грудным отделом позвоночника, снизу — диафрагмой, а вверху сообщается с межфасциальными пространствам ...
Макромир
В истории изучения природы выделяют два этапа - донаучный и научный.
Донаучный, или
натурфилософский, охватывает период от античности до становления экспериментального естествознания в XVI—XVII вв. В этот период учения о природе носили чисто натурфилософский характер: наблюдаемые природные явления объяснялись на основе умозрительных фи ...
Самоорганизация и эволюция сложных систем, далеких от равновесия
Случайность и случайные флуктуации параметров системы играют особую роль в ее функционировании. «Нужно отличать два типа случайностей. Первый тип дает начало направленной эволюции системы и имеет созидающий характер, второй – порождает неопределенность, неоднозначность, разрушает и отсекает все лишнее».
В результате их действия в систе ...