Проведение ПЦР в разных объемах смеси в пробиркахСтраница 1
Перед проведением реакции в микроплашках ПЦР провели в пробирках Eppendorf с общим объемом смеси 5, 4, 3, 2 и 1 мкл (исходная концентрация ДНК – 7 нг) в среде масла. Подобная модель миниатюризации реакции может дать ответ на вопрос в каком минимальном объеме возможно прохождение амплификации и насколько эффективно. Данные о приросте сигнала флуоресценции будут своеобразным контролем для реакции смеси соответствующего объема в изготовленных микропланшетах.
ПЦР-смесь заливали минеральным маслом объемом 10 мкл. В результате получали капельки образца в среде масла (рис. 17 А).
Рис. 17.
Пробирки с разным объемом ПЦР смеси в среде минерального масла. А – схематическое изображение. Б – реальное изображение капли в объективе камеры.
В качестве контроля служила смесь без матрицы в соответствующих объемах. Амплификацию проводили в амплификаторе «Терцик» производства «ДНК-технология». Реакцию ставили с использованием зондов SYBRgreen и TaqMan по протоколам описанным в пункте 2.3.2 и 2.3.3 соответственно. После амплификации из каждой пробы отбирали по 1 мкл на измерения в стрипах. Тем самым измеряли флуоресценцию в одинаковых объемах. По результатам этих измерений судили об эффективности амплификации в каждой капле. Результаты детектировали на описанном выше оборудовании в пробирках и в перенесенных в микропланшетах (объем анализируемой смеси одинаков во всех пяти случаях – 1 мкл) (рис. 18.).
А 
Б
Рис 18.
Лунка микропланшета с образцом объемом 1 мкл. А – в разрезе, Б – вид в объектив камеры (фотография).
Результаты измерений представлены в таблицах 2 и 3.
Таблица 2.
|
Объем смеси (мкл) |
Образцы с матрицей (у.е. флуоресценции) |
Образцы без матрицы (у.е. флуоресценции) |
Приращение сигнала (у.е. флуоресценции) |
Образцы с матрицей (у.е. флуоресценции) |
Образцы без матрицы (у.е. флуоресценции) |
Приращение сигнала (у.е. флуоресценции) |
|
в микропробирках |
в объеме 1 мкл в пластиковых микрострипах | |||||
|
1 |
130,43 |
119,12 |
11,31 |
59,44 |
31,38 |
28,06 |
|
2 |
129,82 |
111,55 |
18,25 |
50,89 |
44,01 |
6,88 |
|
3 |
176,10 |
150,34 |
25,76 |
63,01 |
59,86 |
3,14 |
|
4 |
162,77 |
155,13 |
7,64 |
65,70 |
55,88 |
9,82 |
|
5 |
161,55 |
149,38 |
12,17 |
70,00 |
52,70 |
17,30 |
Радиометрический анализ. Масс-спектроскопия
Метод анализа в-ва путем определения массы (чаще, отношения массы к заряду m/z) и относит. кол-ва ионов, получаемых при ионизации исследуемого в-ва или уже присутствующих в изучаемой смеси. Совокупность значений m/z и относит. величин токов этих ионов, представленная в виде графика или таблицы, наз. масс-спектром в-ва (рис.1).
Начало ...
Виды ржавчины на овсе
Линейная (стеблевая) ржавчина. Возбудитель— Puccinia graminis Pers. f. avenae Eriks. et Henn. Проявляется так же, как и на других злаках.
Корончатая ржавчина. Возбудитель — Puccinia согоnifera Kleb. f. avenae Eriks. et Henn. Поражает листовые влагалища, на которых развивается сначала летняя стадия гриба в виде желтых порошащих подушече ...
Методы исследования. Метод
определения активности карбоксипептидазы Н
Активность КП Н определяли модифицированным методом Fricker L.D. и Snyder S.H. [148].
Для определения активности фермента к 150 мкл (в случае опытной пробы) или 140 мкл (в случае контрольной пробы) 50 мМ натрий-ацетатного буфера, содержащего 50 мМ NaCl (рН 5,6), добавляли 50 мкл гомогената ткани. В контрольные пробы, кроме того, добавл ...